As permissões estão sendo definidas por dois programas diferentes. Se você está no shell do Linux, seu valor de shell para umask controla como as permissões são definidas em novos arquivos. Com o Samba, as permissões são definidas pelo valor "create mask" ou "directory mask" do seu arquivo smb.conf (ou os padrões, é claro, se você não os definir especificamente).
Aqui está um extrato do meu smb.conf (Ubuntu 10.4):
File creation mask is set to 0700 for security reasons. If you want to
create files with group=rw permissions, set next parameter to 0775.
; create mask = 0700
Directory creation mask is set to 0700 for security reasons. If you want to
create dirs. with group=rw permissions, set next parameter to 0775.
; directory mask = 0700