Eu tive Windows e Linux (Gentoo) instalados em discos rígidos separados, e não houve problema, contanto que o Windows esteja no disco rígido primário . Ou pelo menos, o instalador do Windows se recusará a instalar em qualquer unidade diferente da principal (ou em qualquer outra partição que não seja a primeira), embora eu ache que você possa trocar as unidades após a instalação e assim obter o Windows unidade secundária. Mas eu divago.
De qualquer forma, o ponto é, certamente deve ser possível para instalar os dois sistemas operacionais em unidades separadas, mas não é necessário . Você pode, se quiser, dividir uma unidade em partições e instalar o Windows em uma partição e o Linux em outra. (Isso é o que eu faço) Instaladores de algumas distribuições vão lidar com isso para você, não tenho certeza se Mint é um deles. Se você fizer isso, poderá usar sua segunda unidade somente para dados. Você provavelmente deseja formatá-lo como NTFS porque ele é legível / gravável de maneira confiável tanto no Linux quanto no Windows.
Tanto quanto se é uma boa ideia: para obter os tempos de acesso a disco mais rápidos (e prolongar a longevidade das unidades), provavelmente é melhor dividir a carga de trabalho entre as duas unidades. Como você está com dual-boot, você só usará os arquivos de sistema de um sistema operacional por vez, portanto, faz sentido colocar os dois sistemas operacionais na mesma unidade e uma partição de dados no outro. Dessa forma, não importa qual sistema operacional você esteja executando, você estará usando ambas as unidades. A alternativa, colocar o Windows (junto com uma partição de dados menor) em uma unidade e o Linux (junto com outra partição de dados) na outra unidade, provavelmente estressará uma unidade mais do que a outra, dependendo de qual SO você inicializar. - a menos que você seja cuidadoso sobre como você distribui seus arquivos de dados entre as duas unidades (mas quem quer fazer isso?).