Eu não acho que o rsync possa registrar explicitamente os arquivos ignorados, mas posso estar errado. você sempre pode executar:
find /src/dir -type f -size +4G > /path/to/over4gb.log
então você poderia pegar esse arquivo de log e passá-lo para o rsync via --exclude-from ..eg:
rsync -av --exclude-from=/path/to/over4g.log /src/dir/ /dest/dir/
só para ser seguro para a sua partição fat32, você pode reduzir o tamanho para 3.8gb .. colocá-lo em um script ou executá-lo de uma só vez:
find /src/dir -type f -size +3896M > /path/to/over3.8g.log && rsync -av --exclude-from=/path/to/over3.8g.log /src/dir/ /dest/dir/