Descobri isso! O padrão de ter o Dash configurado para a tecla Mod4 (tecla de comando) aparentemente causa vários problemas (além de me irritar).
Eu resolvi esse problema mudando a chave que aciona o Dash da tecla Command (Mod4) para outra coisa. No meu exemplo, usei a tecla F1, mas acho que qualquer tecla única deve ficar bem.
Basta digitar o seguinte em um terminal para alterar o traço de Mod4 para F1.
gconftool --set /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options/show_launcher --type=string "F1"
Agora, quando você seleciona "map ctrl para as teclas win (e as teclas ctrl usuais)", ele deve funcionar como esperado! E se você precisar de acesso ao painel, você pode ativá-lo pressionando a tecla F1, tocando o trackpad com quatro dedos (em dispositivos que o suportam) ou clicando no logotipo do ubuntu no canto superior esquerdo.
(Nota: estou usando o Unity 3D)