Estou tentando descobrir isso sozinho.
Eu tive um pouco de sorte para excluir cerca de metade dos episódios que não estavam aparecendo alterando o tipo de mídia para "Music" em vez de "Podcast".
Além disso, para exibir os episódios "ocultos" no iTunes, você pode colocá-los em uma playlist, mas isso ainda não permite que você os exclua do iPod.
Infelizmente isso funcionou apenas para metade dos episódios em questão. A outra metade se recusa a mudar seu tipo de mídia para música por algum motivo!