Não é você; é o seu navegador .
Estou usando o Firefox v3.6.6 como meu navegador padrão no OS X 10.6.4. Por um tempo agora eu tenho notado que sempre que eu abro um URL de outro aplicativo (por exemplo, PDFs em Preview, Steam, páginas de ajuda do OSX, Terminal) duas janelas do Firefox são abertas, com o URL solicitado em o segundo.
Se o Firefox já estiver aberto, isso não acontece; a URL é aberta em uma nova guia em uma janela existente, conforme minhas preferências do Firefox. O sintoma não ocorre com o Safari como navegador padrão. Da mesma forma, não importa o navegador padrão, open -a Firefox http://superuser.com fornece a janela dupla, enquanto open -a Safari http://superuser.com não.
Para a vida de mim eu não posso descobrir porque isso acontece. Existe uma configuração do OSX plist ou do Firefox about:config que eu deveria estar verificando?