Eu vi um software de instalação mal escrito que adiciona tarefas de limpeza (como excluir arquivos) ao processo de inicialização e nunca as remove. Eu não tenho o Windows 7, mas no Windows XP eu acionaria o REGEDIT e procuraria nos seguintes locais por itens suspeitos:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnceEx
HKEY_CURRENT_USER \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run
HKEY_CURRENT_USER \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnce
Existem maneiras mais fáceis de ativar e desativar esses itens de inicialização no Windows XP, como o MSCONFIG, mas não sei se esse programa ainda existe no Windows 7.