Existem alguns sinais reveladores. O reempacotamento é muito rápido, como copiar um arquivo. A codificação é da ordem do tempo real; às vezes muito mais devagar, às vezes um pouco mais rápido.
Qualquer conversor pode alterar os contêineres sem recodificar, mas isso pode depender do codec de origem, do contêiner de destino, do codec de destino e das opções escolhidas.
Se for reembalado, a qualidade será a mesma. Se você recodificar para um codec sem perdas, a qualidade será a mesma. Em qualquer outro caso, a qualidade diminuirá, matematicamente, porque está recodificando. Você será capaz de dizer subjetivamente a diferença? Talvez.
AVI e MKV são razoavelmente independentes de codec, portanto, se você não alterar o codec ou alterar o tamanho do quadro, é improvável que ele seja recodificado.