Eu consertei isso desmarcando a caixa por uma opção, em Profiles > Title and Command , chamada "Executar como um comando personalizado em vez do meu shell". Isso foi verificado quando alterei a opção personalizada em System > Preferences > Preferred Applications , guia Sistema. Eu ainda não descobri como fazer a configuração personalizada, mas pelo menos eu encontrei uma maneira de consertar meu terminal quando experimento com ajustes.
EDITAR - Também, o motivo pelo qual o erro original dizia Text was empty (or contained only whitespace) era porque quando a caixa de seleção estava marcada, o comando estava faltando (em Profiles > Title and Command ). Então, pensando que eu poderia simplesmente adicionar o comando e realmente usar o "Executar como um comando personalizado em vez do meu shell" entrei em gnome-terminal --geometry 120x30 e cliquei em fechar. Então, quando abri o terminal, ele começou a surtar e parecia que o terminal estava sendo lançado repetidamente, muito rapidamente. @quack, se você tentar isso também, talvez possa explicar esse comportamento estranho?
O que resolveu o problema e serve como esta resposta:
Eu editei o arquivo /usr/share/applications/gnome-terminal.desktop com a linha Exec = gnome-terminal --geometry = 120x30 e isso finalmente me deu o que eu queria ...