A ordem dos dispositivos de inicialização está no BIOS do sistema. Você deve verificar primeiro se o HDD correto está listado como o primeiro dispositivo de inicialização. Deve, no entanto, tentar arrancar a partir de outros discos que USB, se assim configurado. Dessa forma, você pode deixar o USB como um disco de inicialização "prioritário", se necessário - e ter um meio USB inicializável.
O outro local onde essa depedência pode ser é o gerenciador de partida (por exemplo, GRUB ou Lilo). Portanto, certifique-se de que o carregador de boot também esteja acessando o disco correto. Em uma instalação típica, o sistema deve inicializar a partir do primeiro disco rígido, hd (0, 0) no GRUB.