Aplicativos baseados na Web como esse não tendem a aparecer nos principais menus da área de trabalho.
Você deve ser capaz de acessar os scripts recém-instalados, navegando para http://<hostname>/phpmyadmin (que, se você estiver trabalhando na mesma máquina em que você instalou, será link ) usando o Firefox ou qualquer outro navegador que você tenha instalado.
Se essa URL não funcionar, dê uma olhada no arquivo de configuração que foi adicionado ao diretório /etc/apache2/conf.d quando o pacote foi instalado para ver quais diretórios virtuais ele está criando. (se você estiver usando lighttpd, ou algo mais, em vez de Apache, então este detalhe de configuração estará em um lugar um pouco diferente)