Encontrei uma maneira de corrigir isso.
Originalmente, eu estava executando um script de shell na inicialização para reatribuir alternativas de atualização. Por exemplo ..
sudo update-alternatives --set x86_64-linux-gnu_gl_conf /usr/lib/nvidia-352-prime/ld.so.conf
sudo update-alternatives --set i386-linux-gnu_gl_conf /usr/lib/nvidia-352-prime/alt_ld.so.conf
Por um motivo separado, eu precisava ter um kernel mais novo, então baixei o kernel wily 4.2 para o meu sistema 14.04 e notei que não precisava mais executar esse script.
Acho que isso pode ser porque a instalação desse kernel forçou a reconstrução. Eu também notei um erro DKMS também. Obviamente, este não é o raciocínio exato do erro, pois não tive a chance de investigá-lo completamente.
Talvez a reinstalação do kernel e dos cabeçalhos possa ajudar, ou até mesmo tentar instalar o kernel malicioso. Ele tem algumas novas atualizações.
Você pode ver todas as opções de kernels pesquisando os repositórios da mesma forma.
apt-cache search linux-image
apt-cache search linux-headers