Vou adivinhar com base em todos os "não está funcionando!" que o trabalho tinha a intenção de executar a cada hora, o que não é o que você escreveu.
01 01 * * * root run-parts --report /home/slosada/workspace/FeedIndexer/target/FeedIndexer.sh
Os campos minuto e hora são ambos 1. Isso significa que quando a hora atual é 1 e o minuto é 1, o trabalho deve ser executado, o que acontece somente às 1:01 da manhã. Se você quiser que o trabalho seja executado a cada hora, faça:
0 * * * * root run-parts --report /home/slosada/workspace/FeedIndexer/target/FeedIndexer.sh
Isso será executado sempre que o minuto atual for 0, o que acontece naturalmente a cada hora