O programa ClearMRU no Windows Media 7 Power Toys tem uma opção de linha de comando para executá-lo sem nenhum aviso.
clearmru.exe /q
No seu caso, adicione / q ao final da linha de comando.
Você também pode criar um atalho para o programa no seu menu Iniciar com a mesma linha de comando, para que possa executá-lo sem iniciar um prompt de comando.