Você pode usar o parted para fazer isso. Algo como:
parted /dev/sda mkpartfs <partition-type> <filesystem-type> <start> <end>
Veja a manpage do parted para detalhes.
Como criar automaticamente partições do Windows (fat / ntfs) através do Linux. Eu tenho todas as informações necessárias para que as partições sejam criadas.
Por exemplo:
Você também pode usar o gparted , que é um ótimo editor de partições gráficas. (depende do que você quer dizer com "automaticamente"?)
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