Este é um problema em todos os IDEs do JetBrain. No PyCharm (o que eu uso) está resolvido na versão 2.0. É provável que seja resolvido na versão correspondente do IntelliJ (provavelmente 11, mas não tenho certeza).
Você precisará entrar no Menu Ferramentas e selecionar Criar Entrada na Área de Trabalho . Ele criará um arquivo da área de trabalho correto no local correto, por isso ele será adicionado ao seu menu DE (incluindo o Unity Dash). Depois, você pode iniciá-lo no menu e fixar o ícone ou arrastá-lo e soltá-lo na barra.
Note que os nomes dos menus são os do PyCharm, já que eu não uso o IntelliJ, mas eles são provavelmente os mesmos.