Não, não é uma prática ruim pedir privilégios de root.
Se você precisar de privilégios de root mais de uma vez durante o tempo de execução do programa, a execução de todo o programa como root provavelmente será útil.
Não há realmente nenhuma 'boa prática' - se você está procurando por um conselho, pergunte como uma pergunta =)
A propósito, o programa que você criou é chamado de "front end GUI" - para o comando que você está usando. Por exemplo, um programa que usa xrandr
para trabalhar é chamado de "front end GUI para xrandr".