Para o Firefox especificamente, provavelmente seria suficiente livrar-se da janela Downloads. Este Add-on é realmente muito legal, imho.
Geralmente não acho que você possa desativá-lo completamente. Você pode alterar a frequência com que pisca em
HKCU\Control Panel\Desktop\ForegroundFlashCount
No entanto, a configuração de um novo valor só entra em vigor após o novo logon. Um valor de 0 significa “piscar para sempre”. Então o mais baixo que você provavelmente pode usar razoavelmente é 1.