Verifique o Gerenciamento de Disco no Win2000 e o fdisk no Win98 e compare sua saída. Ou inicialize a partir de um live CD do Linux e verifique quais arquivos você vê lá e como é o particionamento com o cfdisk.
Para limpar isso, salve todos os arquivos que você ainda precisa em outro lugar e preencha todos os setores da unidade (ou apenas os primeiros megabytes) com zeros; em seguida, particione e formate sua unidade novamente (desta vez em um formato que sistemas operacionais podem ler:))
E se alguma de suas máquinas perguntar se devem reformatar a unidade, sempre diga "não" (sem primeiro limpar os primeiros setores), porque isso pode, em alguns casos obscuros, levar a esses problemas.
(Também pode ser um bug de firmware / driver para que um de seus sistemas operacionais não veja parte da unidade, mas se outras unidades USB funcionarem bem, esse não é o problema real.)