Dentro do VLC, tente pressionar
Controle + I (veja informações sobre a mídia)
olhar para essas guias pode mostrar todos os tipos de informações interessantes no arquivo.
Como foi mencionado, o MOV é apenas um contêiner - o que está embutido nele é o que é interessante. Deve haver pelo menos dois fluxos, um para o áudio e outro para o vídeo. As chances são de que, se você não puder ver o vídeo, provavelmente é um fluxo mal codificado / quebrado ou um arquivo muito raro que o VLC não consegue reproduzir. Seria útil atualizar sua pergunta com o que o VLC vê como os fluxos (e seus detalhes):
Vou assumir que outros arquivos de vídeo são reproduzidos muito bem no VLC e isso é um problema específico de um arquivo? Esse mesmo arquivo é reproduzido bem no QuickTime?