A alteração do layout do teclado é por design e eu não sei de uma solução, exceto para usar em vez de RDC outra solução de área de trabalho remota, como VNC.
Você pode tentar verificar se esse comportamento não foi melhorado no cliente da Conexão de Área de Trabalho Remota mais recente, mas espero demais.
A única ajuda que posso oferecer é a informação de que no Windows Vista é possível definir configurações internacionais a partir da linha de comando. Escrever um script desse tipo pode simplificar a eliminação do teclado indesejado. Se isso lhe interessar, consulte este artigo .