A diferença no uso da CPU será uma combinação de como a unidade está sendo acessada e a velocidade da CPU.
Como é acessado é improvável que seja um grande diferencial neste caso - se fosse a diferença entre (U) DMA e PIO, você veria taxas muito mais baixas no exemplo de PIO.
Eu suspeito que a CPU em seu laptop está simplesmente rodando mais devagar, seja porque é uma CPU mais lenta ou porque foi desacelerada para economizar energia, já que não precisa estar rodando a toda velocidade durante o teste. Pode valer a pena encontrar um medidor de freqüência de clock para rodar no laptop para verificar se este é o caso. As variantes do desktop Linux vêm com um nos repositórios padrão (o Ubuntu 9.04 UNR instala um na instalação padrão), e você não duvidará de poder encontrar exemplos gratuitos para o Windows também. Você também pode desativar temporariamente o escalonamento da CPU em suas configurações da BIOS e executar novamente o teste - Eu não espero que isso faça diferença na velocidade, mas se a CPU tiver o clock down no último teste, você verá uma queda na % usado durante o teste, pois você estará usando, digamos, "12,5% de uma CPU a 2Ghz", em vez de "50% se estiver sendo executado a 0,5 Ghz".