De longe, o problema mais provável é que, quando você instalou o Ubuntu, ele substituiu o MBR do disco rígido.
Para reparar o MBR, use a ferramenta Bootrec.exe no Ambiente de Recuperação do Windows . O Super Grub Disk também pode gravar código MBR genérico, mas nunca usei.
Para explicar melhor, quando a IBM projetou o PC, eles decidiram que o MBR, os primeiros 512 bytes do disco, deveria conter o código para fazer a próxima parte do processo de inicialização e a tabela de partição.
O tipo genérico de código no MBR encontra a partição marcada com active na tabela de partições e carrega os primeiros 512 bytes dessa partição. Isto é escrito pelo sistema operacional e geralmente permitirá que você selecione o sistema operacional para inicializar e continuar a partir daí.
Assim, o código do BIOS executa o código MBR e executa o código de partição ativo. O código de partição ativo pode ser o bootloader do Windows que o EasyBCD edita, o Grub (estágio 1), o Lilo ou qualquer outra coisa.
O problema ocorre porque muitas distribuições do Linux usam um atalho no processo de inicialização. Em vez de carregar o Grub no início de uma partição, eles o carregam no MBR. Como o Grub (estágio 1) apenas procura o resto do sistema Grub, ele não consegue inicializar o Windows sem ter que carregar o resto de si mesmo.