A menos que eu esteja enganado, os itens de menu são preenchidos em /usr/share/applications
, então você pode adicionar novos arquivos .desktop lá. No que diz respeito à remoção, basta remover o pacote que contém o programa que você não deseja mostrar.
Você também pode procurar em /etc/xdg/autostart
e /etc/xdg/menus
.