Eu também tive esse mesmo problema e nunca consegui descobrir o que estava errado - acho que finalmente resolvi isso.
Ao atualizar o NetBeans (ou reinstalar), nem todas as entradas no registro do Windows são atualizadas. Procure no seu registro em:
HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\netbeans.exe\shell\open\command
O caminho listado no campo "Dados" está alinhado com sua versão atualmente instalada do NetBeans?
O meu era diferente: tinha o caminho para uma versão mais antiga (NetBeans 6.8). Quando atualizei esse valor para usar minha instalação mais recente (NetBeans 7.0), tudo foi corrigido.
Por uma boa medida, eu fiz uma pesquisa no meu registro para quaisquer entradas adicionais do "NetBeans 6.8" e encontrei uma outra que eu também atualizei - mas eu não tenho ideia do que era.