Como explicado em mencoder lista de discussão :
O Mencoder não pode ler fps de um contêiner wmv.
Você pode forçar um valor de fps ou aliviar seus problemas e usar o ffmpeg :
ffmpeg -i input_video.wmv output_video.flv
Se você quiser usar os parâmetros de codificação que você estava pedindo no seu comando mencoder (eu posso estar errado sobre as unidades de taxa de bits padrão do mencoder):
ffmpeg -i input_video.wmv -b 480m -acodec pcm_s8 -ab 48k -ar 22050 output_video.flv