Além de usar um navegador de 32 bits com Flash ou algum tipo de script mágico do Gresemonkey que removerá os alertas, não há nada que você possa fazer.
O que eu sugiro é instalar um navegador de 32 bits (o Google Chrome é recomendado, se não, o Firefox) e instalar o Flash Player de 32 bits. Isso deve funcionar em um sistema operacional de 64 bits.