A E / S definitivamente sofrerá uma penalidade ao trabalhar em uma conexão USB. Se você tiver a opção em sua máquina, eu recomendaria uma unidade eSATA para oferecer melhor desempenho.
Quais são suas outras opções, realmente? Particionar seu HD instalado? Crie discos virtuais? Dependendo de suas necessidades, uma unidade externa geralmente é a opção mais flexível (especialmente ao usar um laptop). Dependendo do que você está fazendo, pode ser realmente mais rápido (em geral) ter a máquina virtual em um prato separado, já que não haverá contenção entre os sistemas host e guest no mesmo disco rígido.
YMMV, mas o armazenamento externo é uma boa solução.