Você ativou o FileVault recentemente? Em seguida, sua pasta de início está sendo armazenada em backup somente quando você faz logout .
A sua pasta pessoal está de alguma forma excluída nas configurações do seu Time Machine?
Ou está incluído na saída do seguinte? (O que não deveria)
mdfind "com_apple_backup_excludeItem = 'com.apple.backupd'"
(E eu acho que você pode excluir com segurança o arquivo /Library/Preferences/com.apple.TimeMachine.plist
e reconectar sua unidade do Time Machine depois disso. Mas, mover o arquivo para outro local pode ser uma opção mais segura.)