Eu sei que você já encontrou uma solução, mas aqui está uma alternativa para outra pessoa em uma situação semelhante que não pode simplesmente instalar uma nova versão do sistema operacional.
A versão empacotada pode não colocar as coisas nos mesmos lugares que os padrões "make install", então não há garantia de que os arquivos da versão antiga seriam sobrescritos pelos arquivos mais novos. Ao migrar para uma versão de software mais nova em um sistema gerenciado por pacote como o Ubuntu, é melhor que
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encontre os pacotes da nova versão (ou crie-os) para instalar, para que o gerenciador de pacotes possa atualizar as coisas apropriadamente, ou
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remova a versão mais antiga do gerenciador de pacotes e siga as instruções para compilar & instale o pacote mais novo a partir do tarball de origem.
Pessoalmente, prefiro criar novos pacotes sempre que possível. Quando não é possível, eu ajustei o processo "make install" para instalar em /usr/local
e subdiretórios. (Se o software usar um script de configuração, execute ./configure --prefix=/usr/local
para alterar o local de instalação padrão.) Dessa forma, o software não entrará em conflito com outros arquivos instalados pelo gerenciador de pacotes do sistema.