No momento, esse problema seria resolvido adicionando HandleLidSwitchDocked=suspend
em /etc/systemd/logind.conf
e reinicializando.
No meu ambiente, adicionar a linha resolve o problema.
Meu ambiente: Ubuntu 16.10, HP Spectre x360 Kaby Lake
$ cat /proc/cpuinfo | grep "model name"
model name : Intel(R) Core(TM) i7-7500U CPU @ 2.70GHz
model name : Intel(R) Core(TM) i7-7500U CPU @ 2.70GHz
model name : Intel(R) Core(TM) i7-7500U CPU @ 2.70GHz
model name : Intel(R) Core(TM) i7-7500U CPU @ 2.70GHz
$ uname -a
Linux nek-HP-Spectre-x360-Convertible-13-ac0XX 4.8.0-41-generic #44-Ubuntu SMP Fri Mar 3 15:27:17 UTC 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 16.10
Release: 16.10
Codename: yakkety
Para mais detalhes, veja este bug: "O notebook não suspende quando a tampa está fechada após atualização para 16.04 "