Não é possível configurar para alternar os modos de transferência entre o upload ou o download, definindo preferências. Pelo menos não na versão atual do 3.2
No momento, você só precisa acessar o menu quando quiser fazer o download ou fazer o upload e alternar pelas opções presentes.
Transfer > Transfer type
E, em seguida, defina manualmente a transferência de ações de upload ou download atual em detecção automática, ASCII ou binário.