Se for Java, você poderá criar um MSI e selecionar todas as chaves de registro apropriadas que precisar editar. Ainda mais fácil se eles tiverem um MSI que você possa instalar silenciosamente, pegue isso e use o seu AD para distribuí-lo ou a distribuição de software de sua escolha.
Criando seu próprio MSI link
Mais informações, possivelmente, um instalador MSI a partir delas. link