Inkscape
Eu principalmente usei o Inkscape . É uma interface muito diferente, mas funciona bem e é uma ferramenta poderosa. A saída pode (dependendo da entrada) parecer tão profissional quanto necessário.
No Inkscape, use o "Criar conector do diagrama". Tem a opção de "Fazer o conector evitar objetos selecionados". Se você desenhar um conector, em seguida, selecione o objeto que deseja evitar, edite o conector e, finalmente, clique no botão para evitar esse objeto, você pode usar conectores inteligentes que não irão sobrepor os diferentes elementos da sua caixa. Na prática, acho que a maneira mais fácil de fazer isso é:
- Desenhe um conector
- Desmarque o conector clicando no objeto que você deseja evitar
- Pressione SHIFT e clique duas vezes no conector que você acabou de desenhar
- Escolha "Tornar conector evitar objetos selecionados"
Veja também esta pergunta e respostas: Bom editor de diagrama de rede?
Sobre as outras recomendações
Eu ainda não usei muito, mas parece muito bom.
Como alternativa, o LibreOffice Draw é um software popular, veja outras respostas. Uma coisa a notar é que o LibreOffice agora pode abrir diagramas do Visio e permite editá-los. Ele funciona bem para diagramas simples, não tão bem para os que usam muito o Visio-idiossincrasia. Ele ainda pode ser usado com mais esforço e, em um ambiente com muitos diagramas existentes, isso pode ser tolerável.