Primeiro, não há um formato único para vídeos do YouTube - o formato depende do resolução, com diferentes formatos e codificações escolhidos para cada resolução.
Em segundo lugar, o YouTube recodificará seus vídeos enviados e, como os algoritmos usados são do tipo com perdas, os detalhes serão perdidos ou levemente alterados quando um vídeo for re-codificado. Um vídeo re-codificado nunca será exatamente o mesmo que a fonte, a menos que uma codificação sem perdas seja usada, mas tais codificações são muito perdulárias no espaço em disco, por isso não são usados pelo YouTube.
Em terceiro lugar, o YouTube usará uma versão diferente do ffmpeg, que pode estar anos atrás seu, então você não pode codificar exatamente da mesma maneira ou exatamente com o mesmo codec.
Para mais informações, o artigo YouTube do Google usa o FFmpeg , escrito por um dos desenvolvedores do ffmpeg, recita como ele detectou em um vídeo ele enviou para o YouTube um bug que foi corrigido pela equipe do ffmpeg dois anos antes.
O máximo que você pode fazer é codificar seu vídeo de acordo com as configurações de codificação de upload recomendadas pelo YouTube , e espero que após o upload e a recodificação pelos servidores do YouTube não sairia muito diferente da sua.