Flowplayer (supondo que você esteja falando sobre o software do link ) é apenas um pouco de JavaScript e Flash.
Se você estiver executando um servidor baseado no Ununtu, carregue os arquivos flash e js como faria com qualquer outro arquivo estático.
Se você estiver executando um navegador da Web em um desktop Ubuntu, você só precisa instalar o plug-in do Flash para qualquer navegador que você esteja usando (e você deveria ter perguntado isso no Superusuário).