O problema agora está resolvido em um grau suficiente no sentido de que o iPod é reconhecido pelo amarok e pelo gtkpod. (Rhythmbox ainda não vê esse iPod no Ubuntu 16.04).
Como tentei muitas coisas para resolver o problema, não sei ao certo o que exatamente fez a diferença. Mas acredito que os seguintes comandos foram importantes:
sudo apt-get install fuse libimobiledevice-utils ideviceinstaller
idevicepair pair
chmod 777 /media/iPod
ifuse /media/iPhone/
Além disso, editei o arquivo /etc/fuse.conf
e descomentei a linha user_allow_other
. Essencialmente eu segui os passos descritos em detalhes aqui .
Eu postei isso como uma resposta à minha própria pergunta, esperando que isso seja útil para os outros. De qualquer forma, no que me diz respeito, o problema está resolvido.