Eu percebi que você pode obter as configurações atuais do @mode assim:
for /f "tokens=1,2* skip=3 delims= " %%a in ('mode con') do (
set _lines=%%b
goto endline
)
:endline
for /f "tokens=1,2* skip=4 delims= " %%a in ('mode con') do (
set _cols=%%b
goto endcol
)
e defina-o depois de alterá-lo com isto:
@mode con: cols=%_cols%lines=%_lines%