Acabei de testar isso usando o CentOS e o MacOS. Como a choroba sugeriu, o uso da opção -b irá cortar os arquivos em partes de tamanhos iguais sem considerar a presença de novas linhas na entrada. Eu cortei um arquivo zip binário em pedaços no MacOS, copiei as peças para o CentOS e usei cat * > out.zip para gerar novamente o arquivo zip. O arquivo resultante no CentOS era idêntico ao arquivo original no MacOS. Resultados com o Ubuntu em vez do CentOS devem ser os mesmos.