Eu só quero deixar claro o que você quer dizer quando diz que está encerrando o processo. Por exemplo, se você fechar o aplicativo clicando no X na parte superior direita e não tiver desmarcado a configuração do Skype 'On Close - Manter o Skype em execução', você terá, na realidade, apenas minimizado o Skype. Ainda está em execução.
Você vê, como um bom aplicativo implantado pela Microsoft, o Skype não deixa de lado voluntariamente :-) Mesmo depois de fazer a seleção acima, há dois processos restantes que 'gostam de ficar por perto';
Broker de Tempo de Execução (RuntimeBroker.exe) e Microsoft Skype (SkypeHost.exe)
Você pode ver isso com o Gerenciador de Tarefas.
Se você 'encerrou' todos esses e ainda está recebendo chamadas, estamos em um novo nível.