Aqui está uma pergunta semelhante feita no StackOverflow.
Ele vai muito a fundo na maneira como o Git rastreia as mudanças de nome, criações de arquivos e exclusões. A resposta rápida e suja que você está procurando está abaixo.
Para citar a resposta principal:
What we do now is, first, manually put the file back under its old name, then use git mv to switch again to the new name:
$ mv new-name.txt old-name.txt $ git mv old-name.txt new-name.txt