Consegui duplicar o mesmo problema fazendo alterações no PS1 no bashrc. Como eu não sei exatamente o que foi editado no seu caso, tente restaurar o arquivo bashrc anterior usando o seguinte.
cp ~/.bashrc ~/.bashrc.bak
cp /etc/skel/.bashrc ~/
source ~/.bashrc
EDIT: Feche e reabra o terminal depois de executar isso.
Isso corrigiu o problema de sobrescrever o cursor no meu terminal. Espero que isso ajude você!