A rolagem suave da Logitech controla sua entrada.
A rolagem suave do Chrome controla a saída / exibição.
Eu não acho que eles possam entrar em conflito.
Em relação ao sinalizador do Chrome, a configuração desejada provavelmente está ativada. A configuração Padrão também tem a rolagem suave ativada, mas pode desativar automaticamente a rolagem suave quando você tem muitas guias abertas.