O AutoHotkey deve permitir que você faça isso simplesmente atribuindo a tecla de atalho desejada à chave pré-existente que o programa já aceita.
Por exemplo, o código principal no script pode usar atribuições de teclas de atalho com algo parecido com isto:
#IfWinActive, Throttlestop ; Make this match the WinTitle as needed--see AHK docs
#^2:: ; Win+Ctrl+2
SendInput, ^!+2 ; Ctrl+Alt+Shift+2
Return
^!+2::Return ; Turn off App's default hotkey combo (return without action)
#IfWinActive ; Allow subsequent hotkeys to be global
Depois de baixar o AutoHotkey, você pode modificar o script padrão e executá-lo - ele terá um ícone 'H' na bandeja do sistema depois de iniciá-lo.