Esta é a versão do eclipse (3.8.1-7) [universo] eclipse (3.8.1-7) [universo] que acompanha o 15.04. Meu palpite é que você instalou a versão 4.5 independentemente do sistema de empacotamento do apt. Será difícil descobrir onde isso está instalado no sistema de arquivos, mas meu palpite será / opt.
Você precisa adicionar o caminho do eclipse executável a $ PATH para que ele funcione (se ainda não estiver lá). Você pode verificar com
$ echo $PATH
Se o caminho para a nova instalação não estiver lá, não funcionará.