Esta abordagem assume que a parte da data é a mesma para ambos os valores.
Com dados em A1 e A2 , em B1 e B2 digite:
=--MID(A1,12,9999)
=--MID(A2,12,9999)
Isso descarta a parte da data e fornece a parte da hora, incluindo milissegundos. Em B3 digite:
=B2-B1
Por fim, formate as células na coluna B como hh: mm: ss.000
