Da minha própria exploração, verifica-se que nem prevalece. Ambos se sincronizam entre si.
Portanto, se você quiser que apenas um desktop prevaleça, será necessário desativar a sincronização local do Desktop no computador em questão.
Veja um exemplo:
No meu trabalho, tenho o OneDrive pessoal e comercial. Eu só quero que o Desktop local no trabalho seja sincronizado com o negócio do OneDrive. Eu não quero meu pessoal do OneDrive sincronizando meu desktop local para o meu local de trabalho local (o que estava acontecendo). A solução foi desabilitar a sincronização do aplicativo pessoal OnDrive no ambiente de trabalho. Em casa, posso sincronizar o aplicativo pessoal do OneDrive com a área de trabalho.
Deixe-me saber se isso faz sentido. Sinta-se à vontade para editar.