A sintaxe correta é
-y -rtbufsize 100M -f dshow -framerate $fps$ -i video="screen-capture-recorder" -f lavfi -i anullsrc=channel_layout=stereo:sample_rate=44100 -c:v libx264 -r $fps$ -preset ultrafast -tune zerolatency -crf 28 -pix_fmt yuv420p -movflags +faststart "$output$"
Suas opções do dshow..etc estavam sendo aplicadas à entrada de áudio, não ao vídeo. E anullsrc é um filtro de origem dentro do ffmpeg, então -f lavfi
precisa ser definido.