Eu tive exatamente o mesmo problema, embora eu tenha tentado coisas diferentes na Web, foi isso que me ajudou no final.
ln -s /usr/share/applications/kde4/dolphin.desktop ~/.local/share/applications/nautilus-folder-handler.desktop
Eu encontrei a solução graças a este relatório de bug em audacioso. link
Como eu disse, tentei outras coisas antes, então talvez tenha sido uma combinação das coisas que eu fiz, mas acho que ligar o arquivo dolphin.desktop ao aplicativo (padrão) que deveria ser nautilus-folder-handler. área de trabalho deve fazer o truque.
Espero que ajude.
EDIT: Depois de passar por todas as etapas novamente, acho que você também precisa do seguinte.
$ pwd
~/.local/share/applications
$ cat kde-dolphin.desktop
[Desktop Entry]
Exec=dolphin
MimeType=inode/directory
Name=dolphin
NoDisplay=true
Type=Application
$ cat default.list
[Default Applications]
x-directory/normal=kde-dolphin.desktop;kde-kfmclient_dir.desktop;