Se você tiver o cuidado de selecionar o disco correto durante a instalação, é perfeitamente seguro deixá-lo durante a instalação, mas se ambos os discos forem do mesmo tamanho / marca / modelo, pode ser difícil determinar qual deles é o correto um.
E em um laptop nem sempre é dado que C: é o primeiro disco e D: o segundo. Além disso, o Windows pode realmente inicializar a partir de um disco e ter C: na outra unidade.
Basta desconectar temporariamente o disco (ou desativá-lo no BIOS, se você tiver essa opção).
Dessa forma, você pode ter certeza de que a instalação do SUSE não a verá.
Após a instalação, reconecte o disco e monte-o no SUSE.
Este é o caminho mais seguro para ir. Nenhuma chance de estragar acidentalmente o disco de dados.